Во время очередной битвы с доктором Энимо, происходит неожиданное: повреждение его устройства запускает режим самоуничтожения Омнитрикса. Чтобы спасти Бена и не допустить катастрофы, инопланетянин Тетракс забирает его вместе с Гвен и отправляется на поиски Азимуса - создателя Омнитрикса, который способен остановить обратный отсчёт. Путешествие приводит их на тюремную планету, а затем на родной мир Азимуса, где героям приходится столкнуться с Вилгаксом и опасными пришельцами. Пока время заканчивается, Бену предстоит понять истинное предназначение Омнитрикса и доказать, что сила этого устройства может служить не разрушению, а спасению других.
