Бен оказывается в другом измерении после появления загадочного пространственно-временного разрыва над Манхэттеном. Там он сталкивается с Рексом - героем, способным управлять нанитами и создавать из них различные механизмы. Приняв Бена за опасного ЭВО, Рекс вступает с ним в бой, но вскоре выясняется, что настоящая угроза - Альфа, разумный нанит, который поглощает ЭВО и стремится получить контроль над Омега-нанитом Рекса. Теперь 2-ум героям из разных миров предстоит объединиться, чтобы остановить Альфу и спасти Землю.
